I Secoli XII-XIII
Nel XII secolo la produzione scientifica aumenta, i trattati non sono più dei compendi di opere precedenti, ma divengono rielaborazioni critiche, nelle quali non manca mai il commento o la critica dell'autore. Ad inaugurare questo genere di letteratura fu il commento di Matteo Plateario al Antidotarium Nicolai.
Questo genere letterario appare connesso ad un nuovo metodo di insegnamento basato sulla lettura e sul commento di testi autorevoli, segnando il passaggio da un'istruzione pratica ad una teorica.
Ai numerosi trattati di medicina generale si aggiungono scritti di argomento più specifico quali la chirurgia, l'anatomia, le febbri, i polsi, le diete, le urine.
Matteo Plateario, vissuto nella prima metà del secolo, fu, probabilmente, il primo a praticare la dissezione degli animali, durante le sue lezioni di anatomia. Fu autore del De simplici medicina o Circa istans. L'opera é un trattato sui semplici per lo più di origine vegetale; nella sua versione originale, si compone di 273 capitoli e si basa sulle conoscenze erboristiche di autori quali Dioscoride, Galeno, Oribasio e Costantino l'Africano. A queste conoscenze, l'autore aggiunge l'esperienza personale e quella dei maestri della Scuola Salernitana quali Garioponto ed il Magister Salernus. Il testo, molto apprezzato, ha avuto un'enorme diffusione specialmente in Francia. Nel XIV secolo viene indicato, presso la facoltà di Medicina di Parigi, quale Codex per gli erboristi. Nel XV secolo é definito dal medico Saladino d'Ascoli: "Uno dei lavori necessari per gli speziali, affinché svolgano la loro arte correttamente ed onorevolmente".
In questo periodo sono attivi a Salerno Cofone il Giovane e il maestro Mauro, autore delle Regule urinarum. A cavallo tra il XIII ed il XIV secolo si distingue la personalità di Matteo Silvatico, illustre botanico ed autore dell'Opus Pandectarum Medicine.
La Scuola, alla fine del XII secolo, aveva raggiunto una fama internazionale, si incontravano qui personaggi della rinascita culturale che era in atto in Europa. Egidio di Corbeil, prima di divenire a Parigi il primo docente di medicina, studiò a Salerno e ciò ha lasciato supporre che il curriculum della scuola parigina fosse stato esemplato su quello salernitano: entrambi mostravano una forte interazione tra medicina e filosofia naturale.
Nel XIII secolo si distinguono le figure di Benvenuto Grafeo, autore del De probatissima arte oculorum e Davide Armeno autore del Liber pro sanitate oculorum. I trattati in questione non solo analizzano le malattie degli occhi e ne consigliano la cura ma riportano anche interventi di chirurgia oculare.
Alla seconda metà del XIII secolo, risale il nucleo originario dello scritto più famoso della Scuola, noto come il Regimen Sanitatis o Schola salernitana. Lo scritto fu rielaborato, agli inizi del Trecento, dal medico spagnolo Arnaldo da Villanova.
Riguardo l'organizzazione della Scuola e del suo riconoscimento come università pubblica, con potere di rilasciare titoli di studio, non se ne può parlare prima delle Costituzioni emanate a Melfi nel 1231 da Federico II. Le ordinanze di Federico non menzionano ancora il Collegium doctorum, inteso come istituzione permanente, ma autorizzano i maestri di Salerno ad esaminare gli aspiranti medici. Ciò sarà il punto di partenza che porterà alla costituzione del Collegio.
