Le origini
La documentazione sulle origini è lacunosa e manchevole; è da tenere presente però che alcuni codici datati a.D. 846 la definiscono "antica". Pur non avendo, per quell'epoca, alcuna prova certa della sua esistenza, è evidente che essa costituì la più vetusta istituzione dell'Europa Occidentale per l'insegnamento della medicina e della botanica.
I pochi nomi dei medici, rinvenuti nei documenti, non permettono di individuare a Salerno la presenza della Scuola. Una loro produzione scientifica, di cui purtroppo non si ha notizia, avrebbe operato una distinzione.
Di contro va considerato che il periodo di massimo fulgore scientifico, tra l'XI ed il XII secolo, presuppone una intensa esperienza nei secoli precedenti.
Due cronache del secolo X, Historia inventionis ac translationis et miracela Sancte Trophimenae e la Historia di Richero di Reims, evidenziano l'esistenza dell'Istituzione.
Gli interrogativi sulla nascita della Scuola sono oggetto d'acceso dibattito. Alcuni studiosi propendono per un'origine monastica, sottolineando la presenza a Salerno di monasteri benedettini dotati di ospedali e di medici il cui nome è seguito da un attributo ecclesiastico. A sostegno di questa tesi portano la Regola benedettina, che prescriveva a ciascun abate di destinare una parte del convento alla cura dei malati e l'orto alla coltivazione di piante medicinali necessarie alla cura degli infermi. Questa teoria non trova però molto credito, in quanto la prima notizia circa l'esistenza di un monastero benedettino a Salerno risale alla fine del IX, principi del X secolo.
Altri autori sostengono un'origine vescovile della Scuola, basando la loro teoria sulla presenza in città di medici-vescovi, di chierici-insegnanti, autori di trattati di medicina, e sulla possibilità dell'ubicazione della Scuola nell'ambito del chiostro della cattedrale, e quindi su un'analogia con la scuola parigina, sorta nella cattedrale di Notre Dame. Analogie che di per sé non possono essere considerate sufficienti a suffragare tale ipotesi. Proprio l'ubicazione nel chiostro del Duomo fa scartare questa teoria, in quanto costruito verso la fine dell'XI secolo, quando ormai la Scuola è già in piena evoluzione.
Probabilmente l'origine laica potrebbe essere l'ipotesi più accreditata. Nel XI secolo si trovano infatti a Salerno libere associazioni di maestri e di studenti per l'apprendimento teorico-pratico, della medicina. La Scuola potrebbe avere avuto, inzialmente, un indirizzo essenzialmente pratico ma sempre ispirato ai dettami della cultura classica di matrice ippocratico-galenica; ciò spiegherebbe l'assenza di testi. Una maggiore evoluzione teorica, in seguito, potrebbe aver dato l'avvio alla produzione scientifica.
Inizialmente i medici devono aver lavorato con i loro allievi in propri laboratori e solo in un secondo momento essi si devono essere riuniti in corporazione, dando origine alla Scuola Medica Salernitana.