I secoli XIV-XIX
Con la nascita dell'Università di Napoli, nel 1224, la Scuola iniziò, lentamente, a decadere ed a perdere d'importanza. Pochi medici si distinsero in questi anni, anche se proprio il secolo XIV coincise con il regolare ordinamento della Scuola.
La figura del principe Roberto di Sanseverino (1430-1447), tramandatoci come uomo colto e raffinato mecenate potrebbe aver favorito una ripresa della Studium. Ma sarà con l'ultimo principe di questa casata, Ferrante, che la Scuola vivrà il suo ultimo momento di fama. La corte di Ferrante fu il centro di diffusione della cultura umanistico-rinascimentale. La munificenza del principe e della moglie, Isabella di Villamarina, fece si che a Salerno giungessero i migliori intellettuali e uomini di scienza. Ferrante, nel 1525, nominò Agostino Nifo, definito nostris temporibus alter aristotelis, promotore del Collegio medico. La caduta in disgrazia, presso gli Aragonesi, di Ferrante e la sua fuga da Salerno nel 1551 posero fine al sogno di ripresa dello Studium.
Tra la pletora di medici si distingue la figura di Francesco Alfano, nato a Salerno nel 1521, Priore del Collegio medico, ed autore di un trattato sulle gravi malattie epidemiche che affliggevano l'Europa.
L'istituzione viene soppressa da Gioacchino Murat nel 1811, in occasione della riorganizzazione dell'istruzione pubblica nel Regno di Napoli. Le cattedre di Medicina e Diritto, rimasero ancora attive sino al 1861, anno in cui il ministro del Regno d'Italia Francesco De Sanctis ne decretò la chiusura.
